И порядок, и сроки исполнения контракта - относятся к существенным условиям контракта. Их изменение строго регламентируется - они должны подпадать под исключения из части 1 статьи 95 Закона № 44 ФЗ.
Ситуацию не спасет и заключение дополнительного соглашения: если вы в нем измените эти условия контракта, то контролирующие органы могут привлечь заказчика к административной ответственности. При этом само должностное лицо получит штраф в 20 тысяч рублей, а сама организация заплатит в десять раз больше - 200 тысяч рублей согласно ч. 4 ст. 7.32 КоАП РФ.
При этом заказчик будет иметь полное право взыскивать с вас пени за все время просрочки исполнения контракта. Их применение к вам более чем вероятно, ведь так организация сможет компенсировать понесенные убытки.
Помните, что сложившаяся практика говорит о том, что судьи
признали право заказчиков взыскивать одновременно и пени, и штрафы
за просрочку исполнения контракта. Например, можно обратиться за примером к постановлению Арбитражного суда Западно-Сибирского округа
от 25.03.2016 № Ф04-204/2016 по делу № А27-7970/2015.