Согласно части 6 статьи 34 Закона №44-ФЗ в случае просрочки исполнения поставщиком  обязательств, в том числе неисполнения или ненадлежащего исполнения поставщиком  обязательств, предусмотренных контрактом, заказчик направляет поставщику требование об уплате неустоек (штрафов, пеней).

Штрафы начисляются за неисполнение или ненадлежащее исполнение поставщиком (подрядчиком, исполнителем) обязательств, предусмотренных контрактом, за исключением просрочки исполнения поставщиком (подрядчиком, исполнителем) обязательств (в том числе гарантийного обязательства), предусмотренных контрактом. 

Размер штрафа устанавливается контрактом в соответствии с Правилами определения размера штрафа, утвержденными постановлением Правительства РФ от 30.08.2017 №1042.

В силу пункта 2 указанных Правил штрафы рассчитываются как процент цены контракта (в случае, если контрактом предусмотрены этапы исполнения контракта - как процент цены этапа исполнения контракта), предусмотренный пунктом 3 Правил.

Таким образом, в случае поставки товара по заявкам (в отсутствие отдельных этапов исполнения) заказчик должен начислить штраф в порядке и размере, предусмотренном контрактом и Правилами, то есть от всей суммы контракта.

Правомерность такого расчета подтверждается Арбитражным судом Западно-Сибирского округа в постановлении (https://sudact.ru/arbitral/doc/DPoBojM2Hsgd/) от 25.04.2022 №Ф04-280/2022 по делу №А03-10704/2021, где отмечено 

...сам по себе факт заключения договора, в котором поставка товара осуществляется частями по заявкам покупателя не может быть признан достаточным для вывода, что соглашением сторон установлены отдельные этапы исполнения договора...

...суд первой инстанции сделал правомерный вывод об обоснованности начисления учреждением штрафа за каждый факт однородных нарушений (непоставки обществом товара по двум заявкам) в размере 10% от цены договора.

Противоположную позицию выразил Арбитражный суд Уральского округа в постановлении (https://kad.arbitr.ru/Document/Pdf/c2549a54-0dba-4050-a5d0-407956c89240/c6fc5dca-6273-4e7f-b6d2-46625f5ff7a1/A71-4876-2020_20210125_Reshenija_i_postanovlenija.pdf?isAddStamp=True) от 25.01.2021 №Ф09-8022/20 по делу №А71-4876/2020  

оценив в порядке статьи 431 ГК РФ условия договора в их совокупности и системной взаимосвязи, суд апелляционной инстанции пришел к верному выводу о том, что условиями договора предусмотрена поэтапная поставка товара по заявкам заказчика, в связи с чем размер штрафа в рассматриваемом случае должен исчисляться в процентном отношении к стоимости каждого этапа поставки (заявки), а не от цены договора в целом