Самой известной стороной научной деятельности академика Ковалёва было создание трёх поколений подводных лодок. Но его богатый опыт помог развивать новую важную для страны индустрию шельфовой морской нефтегазодобычи.

С начала девяностых годов прошлого века он руководил работами по добыче, транспортировке и переработке нефти и газа на морском шельфе. В то же время он стал Генеральным конструктором по морским ледостойким и разведочным платформам.

Блестящий учёный, внёсший большой вклад в развитие теории корабля, много лет увлекался живописью, со временем став почётным членом Союза художников и членом Петровской академии наук и искусств.

Именем Сергея Ковалёва названы астероид и премия, вручаемая Санкт-Петербургским отделением РАН за выдающиеся достижения в области технических наук.